Αρμοδιότητα του Πειθαρχικού Συμβουλίου είναι η διερεύνηση καταγγελιών αναφορικά με την παραβίαση του Κώδικα Ηθικών Αρχών του ΕΙΕΕ από μέλη του.
Βάσει του Καταστατικού του ΕΙΕΕ, το Πειθαρχικό Συμβούλιο αποτελείται από 5 μέλη, εκ των οποίων τα 2 εκλέγονται απευθείας από αρχαιρεσίες μετά τη Γενική Συνέλευση, ενώ τα υπόλοιπα 3 από το Διοικητικό Συμβούλιο. Η σύνθεση του Πειθαρχικού Συμβουλίου για την περίοδο 2021-2022 είναι η ακόλουθη: